Sentant le danger approcher, la princesse Zelda et les six jeunes gardiennes d'Hyrule décident d'ouvrir le portail du Sanctuaire de l'Epée de Quatre pour s'assurer que le sceau de Vaati, le mage du vent, est toujours intact.
A l'ouverture des portes du sanctuaire, un Link noir s'échappe et fait prisonnières les sept gardiennes. N'écoutant que son courage, Link se rend au sanctuaire de l'Epée de Quatre, sort l'arme de son socle et se scinde en quatre pour sauver les jeunes filles, quitte à briser les barrières de la cage qui maintenait Vaati prisonnier.
A quatre, vous devrez parcourir Hyrule dans une succession de niveaux afin de libérer les sept sages des griffes de Vaati. Mais si l'envie vous en dit, vous pourrez aussi vous affronter dans la Bataille de l'Ombre. Jamais la compétition et la coopération n'auront tenu un rôle aussi important dans un jeu Zelda.