Après avoir été renvoyé 7 ans en arrière par la princesse Zelda, le jeune Kokiri Link part à la recherche de nouvelles quêtes. Au détour d'une traversée d'une forêt, il est pris par surprise par un Skull Kid masqué qui lui dérobe l'Ocarina du Temps ainsi que sa jument Epona avant de prendre la fuite. Link court donc à la poursuite du ravisseur jusqu'à atterir dans un monde du nom de Termina.
Là il retombe nez-à-nez avec Skull Kid qui le transforme en peste Mojo avant de le laisser. Link tente de visiter les lieux et finit par arriver à Bourg-Clocher, ville centrale de Termina. Dans le ciel, la lune est étonnamment grosse, elle menace de s'écraser sur Terre dans 3 jours, temps qui vous reste pour retrouver Skull Kid et arrêter le cataclysme.
