Après s'être rendu au temple de la Triforce, Link se retrouve propulsé dans le royaume de Labrynna. Peu de temps après son arrivée, il rencontre Nayru, l'Oracle des Ages. C'est à ce moment que la puissance sorcière Veran se manifeste et prend le contrôle de l'Oracle.
Avec les pouvoirs de Nayru en sa possession, Veran se rend dans un passé lointain et manipule la reine Ambi afin de construire la Tour Noire. Grâce à cette tour, Veran pourrait prendre le pouvoir dans Labrynna, toutes époques confondu.
En trouvant la Harpe des Ages, vous voyagerez à travers les époques pour trouver les essences du temps et déjouer les plans de Veran. Une fois le jeu terminé, vous pourrez poursuivre votre aventure à l'aide d'un code à utiliser dans Oracle of Seasons, moitié complémentaire de l'histoire.