Dans la contrée d'Hyrule, deux peuples vivent en harmonie : les humains et les Minishs. Mais ces derniers, des êtres minuscules, tomberont bientôt dans l'oubli. Il est dit que seul des enfants au cœur pur peuvent les voir et pourtant, cela fait des années que nul n'en a aperçu.
Lors de la fête annuelle en leur honneur, un tournoi est organisé par le roi. Vous assistez à la remise des prix alors qu'un étrange voyageur à remporter le droit de toucher l'épée Minish, une relique d'un temps acien où elle fut confiée par les Minishs à un jeune homme (cela devrait vous rappeler un autre jeu!). Mais Vaati est en fait un sorcier maléfique à l'ambition sans limite et dans sa folle quête de pouvoir, il lâche des hordes de monstres sur Hyrule et pétrifie la Princesse Zelda qui s'opposait à ses noirs desseins !
Partez sur les traces des Minishs, accompagné d'un chapeau magique, Excelo et découvrez les plaisirs et dangers de la vie de ces êtres minuscules (écrasé par des gouttes d'eau, le moindre insecte devient gigantesque...) tout en cherchant à réparer le mal fait à la Princesse et à la contrée !